El GTII definió una metodología de trabajo cuyo objetivo principal es generar propuestas de infraestructura institucional que promuevan el cumplimiento de los "Derechos y Garantías Constitucionales". Asimismo, el grupo acordó la realización de un abordaje desde distintos ámbitos de la organización del Estado. Marcó 3 ámbitos a desarrollar sucesivamente: Administración Pública, Sistema Político Electoral y Justicia. Se analizó el funcionamiento de las instituciones y los marcos de “Acceso” y de “Ejercicio” al poder en cada uno, tomando en cuenta tres aspectos transversales clave: (i) la relación entre poderes y actores, (ii) la relación entre el marco normativo y el cultural, y (iii) la promoción del desarrollo económico.
Entre 2013 y 2015, el grupo se centró en Administración Pública y Sistema Político Electoral. Desde 2016 se ha concentrado en la Justicia de nuestro país; primero haciendo un diagnóstico general de la misma y, luego, poniendo el foco en la justicia penal/criminal. Actualmente está desarrollando un trabajo al respecto en conjunto con el Grupo de Seguridad Ciudadana de RAP. Ambos grupos realizaron un análisis del estado de situación del sistema penal, haciendo foco en sus nudos más críticos. Con esta información, los políticos que participan del proceso construyeron un diagnóstico compartido y llegaron a algunos consensos en cuanto a reformas necesarias. En 2019 se continuó trabajando junto al Grupo de Seguridad centrándose en la Justicia Penal y en el Sistema Penitenciario. De esa forma, pudieron realizar un documento integrador de la Ley de Ejecución Penal, la Investigación Criminal y el Régimen Penal Juvenil.
Como parte de su tarea, en 2013 varios de los integrantes del GTII realizaron el programa de formación sobre “Fortalecimiento de Instituciones Democráticas y Participación de la Comunidad” desarrollado en la Queensland University of Technology (QUT) de Australia, con el apoyo de la Agencia Australiana de Cooperación AusAID. El programa tuvo como objetivo interiorizar a los participantes sobre el funcionamiento del sistema institucional de Australia. Además en 2014 el grupo realizó un viaje a la Universidad de Harvard (EE.UU.) con el objetivo de reflexionar sobre temas relevantes para la promoción del desarrollo sostenible del país y el fortalecimiento de su sistema político institucional.
Como resultado de su proceso, el grupo generó documentos e insumos que reflejan acuerdos y visiones compartidas:
- Grupo de Infraestructura Institucional - Visión Compartida - Administración Pública
- Grupo de Infraestructura Institucional - Visión preliminar - Financiamiento de la política
- Grupos de Infraestructura Institucional y de Desarrollo Sostenible - Bases Institucionales para el Desarrollo